Die Ganzgenomsequenzierung wird insbesondere zur Stammtypisierung eingesetzt, um Verwandtschaftsbeziehungen zwischen verschiedenen Stämmen nachzuweisen. Anwendungen hierfür finden sich in der Regel bei der Aufklärung von Infektketten mit multiresistenten Bakterien. Die Sequenzierung erlaubt dabei auch die Zuordnung des oder der infizierenden Klone zu internationalen Linien und kann damit auch helfen, die Herkunft der Stämme zu klären. Insbesondere wenn dauerhafte Reservoire vorliegen und Infektionen bzw. Ausbrüche in lockerem zeitlichen Zusammenhang beobachtet werden, ist diese Methode der Pulsfeldgelelektrophorese bei der Aufdeckung von Zusammenhängen überlegen
Der resultierende schriftliche Befund beinhaltet eine Zuordnung der fraglichen Isolate in Sequenz-Typ (MLST) sowie Komplex-Typ (cgMLST), wenn international etablierte Schemata für die fragliche Spezies (z.B. Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae oder Escherichia coli) vorliegen.
Auch Spezies bei denen keine internationalen Schemata vorliegen wie z.B. Serratia marcescens können Verwandtschaftsverhältnisse unter Hinzunahme von Referenzstämmen untersucht werden.
Durch eine grafische Darstellung werden Ausbruchscluster und Allelunterschiede zusammengefasst präsentiert (siehe Abbildung).
Zudem bietet die Sequenzierung molekulargenetische Informationen über den Stamm, welche über rein epidemiologische Fragestellungen hinausgehen. So kann z. B. festgestellt werden, ob es sich bei Isolaten bestimmter Spezies (typischerweise K. pneumoniae) um sogenannte hypervirulente Klone handelt, also solche, von denen eine Beteiligung bei ungewöhnlichen und schweren Infektionen bekannt ist.
Eine Sequenzierung erlaubt eine sichere Identifizierung des Erregers bis auf (Sub-)Speziesebene, selbst wenn eine Differenzierung mit Standardverfahren (z.B. MALDI-ToF-MS) an ihre Grenzen kommen.
Auch ist es möglich, die Ausstattung des Bakteriums mit Resistenzdeterminanten (z.B. Carbapenemasen) zu beschreiben und somit die phänotypische Resistenzbestimmung zu ergänzen.